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10xGenomics Chromium單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測序系統(tǒng)

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一個系統(tǒng)，一套工作流程，強(qiáng)大的測序應(yīng)用? 10xGenomics公司推出了最新的Chromium?系統(tǒng)。利用上千萬獨(dú)特的DNA序列標(biāo)記的GEMs，Chromium?系統(tǒng)可揭示重要的基因組信息。 1、全功能儀器10xChromiumController具有可伸縮的托盤和觸屏界面，占用空間極小，不超過1平方英尺，卻能夠高效的將10萬到100萬次的移液步驟自動化，采用先進(jìn)的微流控系統(tǒng)，高通量的對樣品進(jìn)行分離并帶上序列標(biāo)簽，最終達(dá)到高通量檢測的目的。10xChromiumController可以進(jìn)行基因組的分析，同時可以進(jìn)行單細(xì)胞水平的功能分析。 2、單細(xì)胞儀器10xChromiumSingleCellController具有可伸縮的托盤和觸屏界面，占用空間極小，不超過1平方英尺，卻能夠高效的將10萬到100萬次的移液步驟自動化，采用先進(jìn)的微流控系統(tǒng)，高通量的對樣品進(jìn)行分離并帶上序列標(biāo)簽，達(dá)到高通量檢測的目的。10xChromiumSingleCellController只可以進(jìn)行單細(xì)胞水平的功能分析。產(chǎn)品優(yōu)勢：提升組裝參數(shù)：結(jié)合該技術(shù)的組裝效果較單獨(dú)使用Illumina數(shù)據(jù)最高可提升十幾倍；測序平臺通用性：應(yīng)用該技術(shù)構(gòu)建的文庫可與Illumina測序系統(tǒng)完美匹配；分子片段長：分析可將短Reads組裝成長達(dá)50-100Kb的linked-reads；單倍體分析：可實(shí)現(xiàn)染色體級別Phasing，獲得精確的單體型信息。技術(shù)原理： 1.將樣本分配到100,000s到1000,000s微反應(yīng)體系，每個微反應(yīng)體系含有一種特定的DNA序列標(biāo)記。 2.含有barcode信息的凝膠珠子首先與樣品和酶的混合物混合，然后與位于微流體“雙十字”連接中的油表面活性劑溶液結(jié)合。 3.GEMs (包含樣品、酶、凝膠珠子的混合物油滴）流到儲液器中并進(jìn)行收集。凝膠珠子溶解釋放barcode序列，開始對樣本進(jìn)行標(biāo)記。將每個液滴中含有barcode信息的產(chǎn)物混合。然后構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)測序文庫。應(yīng)用方向： 1.基因組組裝：利用GemCode平臺對長片段序列進(jìn)行擴(kuò)增引入barcode序列以及測序接頭引物，然后將序列打斷成適合測序大小的片段進(jìn)行測序，通過barcode序列信息將多個Reads進(jìn)行組裝，獲得跨度在30-100Kb的linked-reads信息，從而獲得大片段的遺傳信息。優(yōu)勢：通過該技術(shù)構(gòu)建的文庫可與Illumina測序系統(tǒng)完美匹配，將短Reads組裝成長達(dá)100Kb的片段；結(jié)合該技術(shù)后組裝效果較單獨(dú)使用Illumina數(shù)據(jù)最高可提升十幾倍；精度高、成本低，操作難度小。 2.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序：基于10x Genomics最新Chromium?系統(tǒng)利用油包水的微反應(yīng)體系，通過序列標(biāo)簽區(qū)別群體中的不同細(xì)胞，獲得單細(xì)胞水平的數(shù)字化基因表達(dá)譜，可實(shí)現(xiàn)數(shù)千甚至數(shù)萬個單細(xì)胞群體分析，解決常規(guī)scRNA-seq方法在通量或擴(kuò)展性方面存在的不足，為單細(xì)胞研究開拓新的思路。優(yōu)勢：超高通量：單個樣本細(xì)胞檢測數(shù)最高可達(dá)1000-10000；項目周期短：一天內(nèi)即完成從細(xì)胞懸液到cDNA文庫構(gòu)建所有的測序準(zhǔn)備工作；細(xì)胞捕獲效率高：單個細(xì)胞捕獲效率高達(dá)65%，可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型；真正的單細(xì)胞測序：通過油滴-barcode-單細(xì)胞的對應(yīng)關(guān)系，實(shí)現(xiàn)真正意義上的單細(xì)胞測序；測序平臺兼容度廣：與Illumina各種型號的平臺高度兼容。

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龔小姐

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