HACCP不是一個單獨運作的系統。在美國的食品安全體系中，HACCP是建立在GMPs和SSOPs基礎之上的，并與之構成一個完備的食品安全體系。

HACCP體系更重視食品企業經營活動的各個環節的分析和控制，使之與食品安全相關聯。例如從經營活動之初的原料采購、運輸到原料產品的儲藏，到生產加工與返工和再加工、包裝、倉庫儲放，到 危害分析與關鍵點控制，涉及到的企業生產活動的各個方面，如采購與銷售、倉儲運輸、生產、質量檢驗等等，為的是在經營活動可能產生的各個環節保障食品的安全。

另外HACCP認證還要求企業有一套召回機制，由企業的管理層組成一個小組，必須要有相關人員擔任總協調員（HACCP Coordinator）對可能的問題產品實施緊急召回，最大限度保護消費者的利益。